install.packages(pkgs = c("remotes", "tidyverse") )
options(timeout = 240) # on laisse un peu plus de temps à R pour installer imsb
remotes::install_github(repo = "lnalborczyk/IMSB2022/_imsb", dependencies = TRUE)Installation
Installer R et RStudio
Pour cette formation, vous pourrez utiliser votre propre ordinateur sur lequel vous aurez installé ou mis à jour R (version 4.2.1 pour systèmes Unix et version 4.1.3 pour Windows) ainsi que l’interface utilisateur RStudio : https://www.rstudio.com/products/rstudio/.
Installer brms et rstan
Nous utiliserons également Stan via les paquets brms et rstan. Vous trouverez toutes les infos pour installer brms selon votre plateforme ici : https://learnb4ss.github.io/learnB4SS/articles/install-brms.html.1
Attention, cette étape peut être assez longue complexe selon votre plateforme (surtout sur Windows), il faudra veiller à ne pas la réaliser au dernier moment et à ce que tout fonctionne au début de la formation.
Installer imsb
Le reste des paquets ainsi que les données utilisées dans les exercices, et quelques fonctions utiles, peuvent être installées ensemble sous la forme d’un paquet “compagnon” de la formation, le paquet imsb. Pour l’installer, vous devez d’abord installer le paquet remotes (et tidyverse au passage), puis installer imsb depuis Github.
Au cours de la formation, ce paquet pourra être utilisé pour lire les slides des différents cours (du cours 01 au cours 10) en ligne via la fonction open_slides().
library(imsb)
open_slides(01)Les jeux de données utilisés dans les différents exercices sont également contenus dans ce paquet. Vous pouvez les importer via la function open_data().
open_data(robot)Rappel concernant les pré-requis
Bien qu’une bonne connaissance de R soit un pré-requis à l’inscription, vous trouverez ici une courte introduction aux bases du langage, qui seront nécessaires afin de bien comprendre les exemples traités lors de la formation.
Notes de bas de page
En cas de problème, voir aussi : https://github.com/stan-dev/rstan/wiki/RStan-Getting-Started.↩︎